행정구역 개편에 따라 서구청이 분구가 되면서 같은해 11월 19일 서곶보건지소를 모체로 하여 서구보건소가 신설되어 관할지역의 업무를 이관하였으며, 아울러 행정구역 조정에 따라 김포군 계양면이 편입되면서 계양 보건지소를 흡수하였다. 또한 늘어나는 각종 검사 업무의 효율적 관리를 위하여 1990년 3월 30일자로 검사계를 신설하였다.

보건소는 42년의 오랜 역사를 지니고 있으면서도 청사를 확보하지 못하여 개소이후 부평공보관, 북구청 등 5회에 걸쳐 이전을 거듭하였으며 1987년 8월 부평구 부평5동 159-1 번지에 소재한 한국전력(주)부평영업소 사옥을 임대 하여 사용하다가 1993년 6월 매입함으로써 독립청사를 확보 운영하고 있었으나, 낡고 협소한 현 보건소청사로는 주민의 의료욕구와 업무수요를 충족시킬 수 없어 부평4동 442-1.2번지에 국비10억, 시비17억, 구비 44억원 등으로 총 71억여원의 사업비를 투자하여 지하2층, 지상3층, 연면적 5,934.08㎡(1,780평) 규모의 초현대식 청사를 2002년 4월 26일에 공사를 착공하여 2003년 10월말 공사완료, 11월 3일 이전 개소하였다.

인천시 부평동 442 - 1번지에 경기도립으로 설립되어 부평출장소와 서곶출장소 관할의 보건 위생업무를 관장 하였으며 이듬해 1월 1일 법률 제1160호(보건소법)에 의하여 인천시 부평보건소로 개편되었다. 설립당시 직제는 의무직 소장과 행정 5급의 사무장을 두고 보건계와 위생계를 설치하였다.

보건소의 직제와 업무는 시대변천에 따라 바꾸기를 거듭하였는데 1964년에는 인천시의 기구개편에 의하여 시청의 보건과가 폐지되면서 청소계가 보건소로 이관되었으며 1965년 6월 10일 청소계가 예방계로 변경되고, 같은해 9월 1일에는 예방계가 방역계로, 위생계가 식품환경위생계로 개칭되었으며 이해 12월 보건소의 청소업무가 시청 보건과로 다시 환원되었다.